Il Cenacolo fondato all’inizio del Trecento e poi ristrutturato intorno al 1430 era il refettorio monumentale del convento delle terziarie francescane della Beata Angelina da Foligno.
Ornato da un affresco del Quattrocento raffigurante l’Ultima Cena che reca sullo sfondo l’Orazione di Cristo nell’Orto, attribuito a Pietro Perugino, fu destinato a museo fin dal XIX secolo. Nel 1855 vi fu aperto il Museo Egizio, il 12 marzo 1871 il Museo Etrusco, nel 1894 la collezione Feroni. Dopo l’alluvione del 1966 è stato deposito delle opere d’arte danneggiate e quindi riaperto nel 1990, riunendo nella sala principale anche affreschi di Bicci di Lorenzo (1430 circa) provenienti da altri locali dell’antico convento di Fuligno e un Crocifisso ligneo di Benedetto da Maiano, ormai ricollocati nell’adiacente ex convento.
Attualmente ospita, oltre all’Assunzione della Vergine di Valerio Marucelli, un tempo sull’altar maggiore della chiesa di Sant’Onofrio, la Crocifissione e dipinti quattro-cinquecenteschi, testimonianza della diffusione del peruginismo in Toscana e in Italia.